Disciplina Discipline IBI5011
Introdução à Computação para Bioinformática

Área de Concentração: 95131

Concentration area: 95131

Criação: 02/07/2018

Creation: 02/07/2018

Ativação: 02/07/2018

Activation: 02/07/2018

Nr. de Créditos: 8

Credits: 8

Carga Horária:

Workload:

Teórica

(por semana)

Theory

(weekly)

Prática

(por semana)

Practice

(weekly)

Estudos

(por semana)

Study

(weekly)

Duração Duration Total Total
4 0 6 12 semanas 12 weeks 120 horas 120 hours

Docentes Responsáveis:

Professors:

Ronaldo Fumio Hashimoto

Julia Maria Pavan Soler

Roberto Marcondes Cesar Junior

Marco Dimas Gubitoso

Cláudia Josimar Abrão de Araújo

André Fujita

Objetivos:

Justificativa:

Conteúdo:

1. Conceitos básicos de programação: o que é um programa, complexidade de algoritmos, desenvolvimento de programas; 2. Introdução ao Sistema Unix: arquivos e diretórios, o "shell", executando programas de linha de comando, entrada e saída padrão, os "caminhos" ("paths"), o "path" atual. Controle de acesso e proteção a arquivos; 3. Utilitários e comandos básicos do Unix/Linux: listando arquivos e verificando permissões, mudando o diretório de trabalho, localizando o diretório atual, mudando permissões de arquivos, cópia, movimentação e remoção de arquivos, obtendo dados do sistema (data, espaço em disco utilizado, espaço em disco disponível, mandando mensagens ao terminal, os comandos man e apropos, redirecionando a saída de um programa para um arquivo, comandos básicos de edição utilizando o programa emacs, utilizando a impressora, fornecendo o conteúdo de um arquivo a um programa; 4. Comandos e utilitários do Unix/Linux intermediários: construindo "scripts" para automação de tarefas "caracters coringa" (wildcards) para descrição de nomes, encontrando arquivos por nome (find) e conteúdo (grep), inspecionado arquivos (more, less), comandos intermediários do editor emacs (modos de edição, múltiplas telas, complementação automática), comparando arquivos (diff), obtendo arquivos pela internet (ftp, scp, rcp), conectando-se a outro computador (ssh, telnet), visualização de arquivos gráficos (acroread, ghostscript, xv), comprimindo e criando repositórios de arquivos (gzip, gunzip, tar), encontrando um programa (which), email básico, verificando o estado do sistema (who, ps, top, users, gusers), ordenando arquivos (sort), conversando com outro usuário (talk), testando se um computador está ativo (ping), encontrando o login de um usuário (finger); 5. Manipulando execução de programas: execução em "foreground" ou "background" (bg, fg), terminação forçada de um programa (kill), utilizando o sistema de maneira não intrusiva (nice), conetando programas em Unix/Linux (pipes, named pipes), trabalhando com outra identidade (su); 6. Introdução à programação: estrutura geral de um programa, elementos básicos de um programa; 7. Comandos fundamentais da linguagem Perl: expressões aritméticas, uso de variáveis, leitura e impressões de dados, comandos de execução condicional; 8. Manipulando texto: uso de strings, expressões regulares, comandos de busca e substituição de cadeias de caracteres; 9. Repetições de tarefas: laços (loops) e sua utilização; 10. Uso de dados indexados: matrizes e hashes; 11. Chamadas ao sistema operacional e manipulação de seus resultados: construindo pipelines utilizando Perl; 12. Princípios de modularização para construção de pipelines.

Forma de Avaliação:

Observação:

Bibliografia:

1. Christiansen, T. & Torkington, N. (1998). Perl Cookbook - Tips and Tricks for Perl Programmers. O'Reilly Associates Inc., Sebastopol, USA; 2. McCarty, B. (2002). Learning Red Hat LINUX - A Guide to Red Hat LINUX for New Users. 2nd Edition, with CD-ROM. O'Reilly Associates Inc., Sebastopol, USA. 3. Tisdall, J. (2001). Beginning Perl for Bioinformatics. O'Reilly & Associates, Incorporated, Sebastopol, USA; 4. Wall, L.; Christiansen, T. & Orwant, J. (2000). Programming Perl. 3rd Edition O'Reilly Associates Inc., Sebastopol, USA.

Bibliography:

1. Christiansen, T. & Torkington, N. (1998). Perl Cookbook - Tips and Tricks for Perl Programmers. O'Reilly Associates Inc., Sebastopol, USA; 2. McCarty, B. (2002). Learning Red Hat LINUX - A Guide to Red Hat LINUX for New Users. 2nd Edition, with CD-ROM. O'Reilly Associates Inc., Sebastopol, USA. 3. Tisdall, J. (2001). Beginning Perl for Bioinformatics. O'Reilly & Associates, Incorporated, Sebastopol, USA; 4. Wall, L.; Christiansen, T. & Orwant, J. (2000). Programming Perl. 3rd Edition O'Reilly Associates Inc., Sebastopol, USA.

Idiomas ministrados:

Português

Languages taught:

Portuguese