Disciplina Discipline IBI5017
Modelagem Conceitual em Bioinformática

Área de Concentração: 95131

Concentration area: 95131

Criação: 10/04/2019

Creation: 10/04/2019

Ativação: 11/04/2019

Activation: 11/04/2019

Nr. de Créditos: 8

Credits: 8

Carga Horária:

Workload:

Teórica

(por semana)

Theory

(weekly)

Prática

(por semana)

Practice

(weekly)

Estudos

(por semana)

Study

(weekly)

Duração Duration Total Total
3 1 8 10 semanas 10 weeks 120 horas 120 hours

Docente Responsável:

Professor:

Clever Ricardo Guareis de Farias

Objetivos:

Apresentar fundamentos, técnicas e ferramentas de modelagem conceitual. Capacitar os alunos a compreender, desenvolver e empregar ontologias na integração de sistemas e dados em bioinformática.

Justificativa:

A representação semântica dos conceitos em um dado domínio facilita o desenvolvimento de sistemas computacionais adequados para as necessidades dos usuários no domínio. Modelos conceituais/ontologias podem ser utilizados para formalizar conhecimento e servir como base para o desenvolvimento e integração de ferramentas e serviços de bioinformática. Neste sentido, esta disciplina é importante para que o estudante possa compreender conceitos de modelagem conceitual/ontologias, linguagens de representação e metodologias de desenvolvimento, bem como entender suas aplicações no domínio da bioinformática.

Conteúdo:

EElementos de uma linguagem: sintaxe, semântica e pragmática; Fundamentos de modelagem conceitual: modelos, metamodelos e linguagens de representação MOF e UML; Ontologias: visão geral, linguagem de representação OWL e metodologias de desenvolvimento; Web semântica e dados abertos conectados: visão geral, linguagem de representação RDF e linguagem de consulta SPARQL; Ontologias em bioinformática e suas aplicações.

Forma de Avaliação:

Serão atribuídas notas a seminários, provas e/ou trabalhos. A nota final será calculada pela média ponderada das notas obtidas pelo aluno.

Observação:

Bibliografia:

Artigos relacionados aos tópicos de interesse na disciplina, selecionados a partir dos artigos publicados em revistas e eventos de alto impacto. Auer, S. Bryl, V and Tramp, S. Linked Open Data - Creating Knowledge Out of Interlinked Data: Results of the LOD2 Project. Springer, 2014. Cyganiak, R., Wood, D., & Lanthaler, M. RDF 1.1 Concepts and Abstract Syntax. W3C Recommendation, 2014. URL: https://www.w3.org/TR/rdf11-concepts/. Dessimoz, C. and Skunca, N. (Editors). The Gene Ontology Handbook. Springer New York, 2017. Guizzardi, G. Ontological Foundations for Structural Conceptual Models, PhD. Thesis, University of Twente, The Netherlands, 2005. Isotani, S. e Bittencourt, I. I. Dados Abertos Conectados. Novatec Editora, 2015. OMG. OMG Meta Object Facility (MOF) Core Specification, Version 2.5.1. OMG Specification, 2016. URL: https://www.omg.org/spec/MOF/2.5.1/ OMG. OMG Unified Modeling Language (OMG UML), Version 2.5.1. OMG Specification, 2017. URL: https://www.omg.org/spec/UML/2.5.1/ W3C SPARQL Working Group. SPARQL 1.1 Overview. W3C Recommendation, 2013. URL: https://www.w3.org/TR/sparql11-overview/. W3C. OWL 2 Web Ontology Language Primer (Second Edition). W3C Recommendation, 2012. URL: https://www.w3.org/TR/owl2-primer/