Área de Concentração: 95131

Concentration area: 95131

Criação: 08/04/2024

Creation: 08/04/2024

Ativação: 08/04/2024

Activation: 08/04/2024

Nr. de Créditos: 8

Credits: 8

Carga Horária:

Workload:

Docente Responsável:

Professor:

Clever Ricardo Guareis de Farias

Objetivos:

Apresentar fundamentos, técnicas e ferramentas de modelagem conceitual. Capacitar os alunos a compreender, desenvolver e empregar ontologias na integração de sistemas e dados em bioinformática.

Objectives:

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Justificativa:

A representação semântica dos conceitos em um dado domínio facilita o desenvolvimento de sistemas computacionais adequados para as necessidades dos usuários no domínio. Modelos conceituais/ontologias podem ser utilizados para formalizar conhecimento e servir como base para o desenvolvimento e integração de ferramentas e serviços de bioinformática. Neste sentido, esta disciplina é importante para que o estudante possa compreender conceitos de modelagem conceitual/ontologias, linguagens de representação e metodologias de desenvolvimento, bem como entender suas aplicações no domínio da bioinformática.

Rationale:

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Conteúdo:

Elementos de uma linguagem: sintaxe, semântica e pragmática; Fundamentos de modelagem conceitual: modelos, metamodelos e linguagens de representação MOF e UML; Ontologias: visão geral, linguagem de representação OWL e metodologias de desenvolvimento; Web semântica e dados abertos conectados: visão geral, linguagem de representação RDF e linguagem de consulta SPARQL; Ontologias em bioinformática e suas aplicações.

Content:

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Forma de Avaliação:

Serão atribuídas notas a seminário(s) e a projeto(s), sendo que média final será calculada por meio da média aritmética entre a média de seminário(s) e a média de projeto(s), com a atribuição dos seguintes conceitos: A (de 8,50 a 10,00); B (de 7,00 a 8,49) e C (6,00 a 6,99) e R (abaixo de 6,0) – reprovado.

Type of Assessment:

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Observação:

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Notes/Remarks:

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Bibliografia:

Artigos relacionados aos tópicos de interesse na disciplina, selecionados a partir dos artigos publicados em revistas e eventos de alto impacto. The OBO Foundry. The Open Biological and Biomedical Ontology (OBO) Foundry. 2024. https://obofoundry.org/ Jackson, R. et al. OBO Foundry in 2021: operationalizing open data principles to evaluate ontologies, Database, Volume 2021(0):1–9, 2021. https://doi.org/10.1093/database/baab069 DeBellis, M. A Practical Guide to Building OWL Ontologies Using Protégé 5.5 and Plugins, Edition 3.2. 2021. Allemang, D.; Hendler, J.; and Gandon, F. Semantic Web for the Working Ontologist: Effective Modeling for Linked Data, RDFS, and OWL, 3rd Edition. ACM Books, 2020. Alexopoulos, P. Semantic Modeling for Data: Avoiding Pitfalls and Breaking Dilemmas. O'Reilly Media, 2020. Dessimoz, C. and Skunca, N. (Editors). The Gene Ontology Handbook. ‎ Saint Philip Street Press, 2020. Kingsley Okoye, K. (Editor). Linked Open Data: Applications, Trends and Future Developments. Intechopen, 2020. Rautenberg, S.; de Souza, L.; Dall’Agnol, J.M.H.; e Michelon, G.A. Guia prático para publicação de dados abertos conectados na web. Appris Editora, 2018. Isotani, S. e Bittencourt, I. I. Dados Abertos Conectados. Novatec Editora, 2015. Cyganiak, R., Wood, D., & Lanthaler, M. RDF 1.2 Concepts and Abstract Syntax. W3C Working Draft, 2024. URL: https://www.w3.org/TR/rdf12-concepts/. OMG. OMG Meta Object Facility (MOF) Core Specification, Version 2.5.1. OMG Specification, 2016. URL: https://www.omg.org/spec/MOF/2.5.1/ OMG. OMG Unified Modeling Language (OMG UML), Version 2.5.1. OMG Specification, 2017. URL: https://www.omg.org/spec/UML/2.5.1/ W3C SPARQL Working Group. SPARQL 1.1 Overview. W3C Recommendation, 2013. URL: https://www.w3.org/TR/sparql11-overview/. W3C. OWL 2 Web Ontology Language Primer (Second Edition). W3C Recommendation, 2012. URL: https://www.w3.org/TR/owl2-primer/

Bibliography:

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Tipo de oferecimento da disciplina:

Presencial

Class type:

Presencial