Disciplina Discipline IBI5037
Algoritmos em Bioinformática

Área de Concentração: 95131

Concentration area: 95131

Criação: 15/05/2019

Creation: 15/05/2019

Ativação: 15/05/2019

Activation: 15/05/2019

Nr. de Créditos: 8

Credits: 8

Carga Horária:

Workload:

Teórica

(por semana)

Theory

(weekly)

Prática

(por semana)

Practice

(weekly)

Estudos

(por semana)

Study

(weekly)

Duração Duration Total Total
4 0 4 15 semanas 15 weeks 120 horas 120 hours

Docente Responsável:

Professor:

Alan Mitchell Durham

Objetivos:

Justificativa:

Conteúdo:

Alinhamento de pares sequências Avaliação de alinhamentos (significado biológico dos alinhamentos, matrizes de substituição, e-values), Algoritmos de alinhamento (alinhamento local, global e semi-global, alinhamento com modelos mais complexos) Alinhamento de mRNAs contra sequências genômicas, Sim-4, Exonerate. Cadeias de Markov e Modelos ocultos de Markov Cadeias de Markov Modelos Ocultos de Markov (HMM) Estimação de Parâmetros para HMMs Modelos markovianos mais complexos, predição de genes Alinhamento local e global de pares de sequencia utilizando HMMs Profile-HMMs para caracterização de famílias de sequências. HMMER e PFAM Alinhamento de genomas, MUMMER; Alinhamentos múltiplos Programação dinâmica multidimensional Avaliação de alinhamentos múltiplos por soma de pares Métodos de alinhamento progressivo Alinhamento múltiplo com profile HMMs Uso de alinhamentos múltiplos para construir filogenias moleculares Análise de RNAs Predição de estrutura secundária Modelos de Covariâcia RFAM e Infernal HMMs sensíveis ao contexto Busca de motivos em sequências Gramáticas Hierarquia de Chomski Gramáticas Regulares e seu uso no PROSITE Gramáticas Livres de Contexto e caracterização de estruturas de RNA Gramáticas probabilísticas

Forma de Avaliação:

Observação:

Bibliografia:

· David Mount, Bioinformatics, Seg. Edição, Cold Spring Harbor, 2004 · Neil C. Jones e Pavel A. Pevzner: An Introduction to Bioinformatics Algorithms, MIT Press, 2004 · R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh, G. Mitchison: Biological Sequence Analysis: probabilistic models of proteins and nucleic acids, Cambridge Press, 1998 · Wing-Kin Sung: Algorithms in Bionformatics: A practical introduction, CRC Press, 2009. · João Setubal e João Meidanis: Introduction to Computational Molecular Biology, PWS press, 1997.

Idiomas ministrados:

Português

Languages taught:

Portuguese