Área de Concentração: 95131
Concentration area: 95131
Criação: 16/02/2022
Creation: 16/02/2022
Ativação: 16/02/2022
Activation: 16/02/2022
Nr. de Créditos: 3
Credits: 3
Carga Horária:
Workload:
Teórica (por semana) |
Theory (weekly) |
Prática (por semana) |
Practice (weekly) |
Estudos (por semana) |
Study (weekly) |
Duração | Duration | Total | Total |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2 | 2 | 1 | 9 semanas | 9 weeks | 45 horas | 45 hours |
Docente Responsável:
Professor:
Silvana Giuliatti
Objetivos:
Oferecer conceitos básicos de modelagem e docking de estruturas
Justificativa:
O uso de ferramentas de bioinformática estrutural tem se tornado, cada vez mais, importante no desenvolvimento de pesquisas em diferentes áreas de conhecimento, especialmente nas ciências biológicas e áreas da saúde. Portanto, o conhecimento destes conceitos e técnicas, assim como suas aplicações, se mostram cada vez mais necessárias em diversas áreas de conhecimento.
Conteúdo:
1. Métodos de modelagem de estruturas secundárias e terciárias 1.1 métodos por homologia, threading e ab initio; 1.2 Refinamento do modelo; 1.3 Avaliação da qualidade do modelo 2- Conceitos básicos de Dinâmica Molecular 2.1- Campos de força 2.2 Minimização de Energia 2.3 Métodos empíricos, semiempíricos e ab initio 2.4 Etapas básicas da simulação de dinâmica molecular: preparação (solvatação e adição de ions), minimização, equilibração e produção. 2.4 Análise dos resultados (RMSD, raio de giro) 3- Docking molecular 3,1 Métodos rígido, flexível, semi-flexivel 3.2 Algoritmos de busca 3.3 Função de Pontuação 3.4 Etapas do docking: Preparação de receptor, preparação de ligante, docking e análise dos complexos.
Forma de Avaliação:
Desenvolvimento de exercícios práticos, apresentação oral dos resultados obtidos, participação nas aulas.
Observação:
Tipo de oferecimento da disciplina: Aulas remotas via E-disciplinas
Bibliografia:
Structural Bioinformatics por Jenny Gu (Editor), Philip E. Bourne (Editor), 2009 Lehninger Principles of Biochemistry – 5th ed., 2008 Bioinformática da Biologia à flexibilidade molecular / organização de Hugo Verli, 2014 . D. C. Rapaport The Art of Molecular Dynamics Simulation 2nd Edition, Cambridge University J. M. Haile Molecular Dynamics Simulation: Elementary Methods 1st Edition, Wiley-Interscience Artigos Científicos atuais disponibilizados durante a disciplina.
Bibliography:
Structural Bioinformatics por Jenny Gu (Editor), Philip E. Bourne (Editor), 2009 Lehninger Principles of Biochemistry – 5th ed., 2008 Bioinformática da Biologia à flexibilidade molecular / organização de Hugo Verli, 2014 . D. C. Rapaport The Art of Molecular Dynamics Simulation 2nd Edition, Cambridge University J. M. Haile Molecular Dynamics Simulation: Elementary Methods 1st Edition, Wiley-Interscience Artigos Científicos atuais disponibilizados durante a disciplina.
Tipo de oferecimento da disciplina:
Não-Presencial
Class type:
Não-Presencial