Disciplina Discipline IBI5085
Tópicos em Modelagem e Docking Molecular

Área de Concentração: 95131

Concentration area: 95131

Criação: 17/06/2019

Creation: 17/06/2019

Ativação: 17/06/2019

Activation: 17/06/2019

Nr. de Créditos: 3

Credits: 3

Carga Horária:

Workload:

Teórica

(por semana)

Theory

(weekly)

Prática

(por semana)

Practice

(weekly)

Estudos

(por semana)

Study

(weekly)

Duração Duration Total Total
2 2 1 9 semanas 9 weeks 45 horas 45 hours

Docente Responsável:

Professor:

Silvana Giuliatti

Objetivos:

Oferecer conceitos básicos de modelagem e docking de estruturas

Justificativa:

O uso de ferramentas de bioinformática estrutural tem se tornado, cada vez mais, importante no desenvolvimento de pesquisas em diferentes áreas de conhecimento, especialmente nas ciências biológicas e áreas da saúde. Portanto, o conhecimento destes conceitos e técnicas, assim como suas aplicações, se mostram cada vez mais necessárias em diversas áreas de conhecimento.

Conteúdo:

1- Apresentação da disciplina, motivação e introdução ao tema 1. Métodos de modelagem de estruturas secundárias e terciárias 1.1 métodos por homologia, threading e ab initio; 1.2 Refinamento do modelo; 1.3 Avaliação da qualidade do modelo 2- Conceitos básicos de Dinâmica Molecular 2.1- Campos de força 2.2 Minimização de Energia 2.3 Métodos empíricos, semiempíricos e ab initio 2.4 Etapas básicas da simulação de dinâmica molecular: preparação (solvatação e adição de ions), minimização, equilibração e produção. 2.4 Análise dos resultados (RMSD, raio de giro) 3- Docking molecular 3,1 Métodos rígido, flexível, semi-flexivel 3.2 Algoritmos de busca 3.3 Função de Pontuação 3.4 Etapas do docking: Preparação de receptor, preparação de ligante, docking e anáise dos complexos.

Forma de Avaliação:

Desenvolvimento de exercícios práticos e apresentação oral dos resultados obtidos.

Observação:

Bibliografia:

Structural Bioinformatics por Jenny Gu (Editor), Philip E. Bourne (Editor), 2009 Lehninger Principles of Biochemistry – 5th ed., 2008 Bioinformática da Biologia à flexibilidade molecular / organização de Hugo Verli, 2014 . D. C. Rapaport The Art of Molecular Dynamics Simulation 2nd Edition, Cambridge University J. M. Haile Molecular Dynamics Simulation: Elementary Methods 1st Edition, Wiley-Interscience Artigos Científicos atuais disponibilizados durante a disciplina.