Disciplina Discipline MAC6942
Estudos Avançandos de Modelos de Aprendizado Computacional: implementação e aplicação na área de bioinformática I

Advanced Studies of Computational Learning Models: implementation and application in the area of bioinformatics I

Área de Concentração: 45134

Concentration area: 45134

Criação: 22/06/2023

Creation: 22/06/2023

Ativação: 27/07/2023

Activation: 27/07/2023

Nr. de Créditos: 8

Credits: 8

Carga Horária:

Workload:

Teórica

(por semana)

Theory

(weekly)

Prática

(por semana)

Practice

(weekly)

Estudos

(por semana)

Study

(weekly)

Duração Duration Total Total
4 2 4 12 semanas 12 weeks 120 horas 120 hours

Docente Responsável:

Professor:

Alan Mitchell Durham

Objetivos:

A disciplina visa o estudo de modelos probabilísticas com ênfase em modelos flexíveis de implementação e no uso dos modelos para análises de dados de genômica e transcriptômica.

Objectives:

The course aims to study probabilistic models with emphasis on flexible implementation models and the use of models for analysis of genomics and transcriptomics data.

Justificativa:

Modelos probabilísticas têm uma ampla aplicabilidade. Em particular, modelos como Cadeias Ocultas de Markov e Modelos de Covariância tem sido largamente aplicados no desenvolvimento de sistemas de rotulação e classificação de sequêmcias Genéticas. O estudo destas modelos, o desenvolvimento de arcabouços de implementação se a aplicação destes modelos são de fundamental interesse para a pesquisa na área de Bioinformática.

Rationale:

Probabilistic models have wide applicability. In particular, models such as Hidden Markov Chains and Covariance Models have been widely applied in the development of labeling and classification systems for genetic sequences. The study of these models, the development of implementation frameworks and the application of these models are of fundamental interest for research in the field of Bioinformatics.

Conteúdo:

A disciplina constará de leituras de bibliografia de suporte, selecionadas de acordo com a formação pregressa do aluno, apresentação de seminários pelos alunos seguidos de discussões. Além disso os alunos deverão participar do desenvolvimento de um arcabouço probabilístico utilizando técnicas avançadas de programação orientada a objetos ou do uso deste arcabouço em problemas de classificação e rotulação ligados à area de Genômica e transcritpômica.

Content:

The discipline will consist of readings of the supporting bibliography, selected according to the student's previous training, presentation of seminars by the students followed by discussions. In addition, students should participate in the development of a probabilistic framework using advanced object-oriented programming techniques or in the use of this framework in classification and labeling problems related to the area of genomics and transcriptomics.

Forma de Avaliação:

A avaliação será realizada através de seminários, projetos e provas. A nota final será calculada pela média obtida pelo aluno nos instrumentos de avaliação. Nas duas primeiras semanas de aula o docente fixará as datas e o número de provas, projetos e seminários, assim como o critério de atribuição do conceito final.

Type of Assessment:

The evaluation will be carried out through seminars, projects and tests. The final grade will be calculated by mean obtained by the student in the assessment instrument. In the first two weeks of class, the teacher will set the dates and number of tests, projects and seminars, as well as the criteria for attributing the final letter grade.

Bibliografia:

Bibliografia Básica 1. "Molecular Biology of the Cell" Alberts et. al. 6th Edidtion, Garland Publishing Inc. 2. Design Patterns:Elements of Reusable Object-Oriented Software. Erich Gamma et Al. Addison-Wesley 1994. 3. Refatoração; aperfeiçoando o projeto de código existente. Kent Beck et. al, Bookman Companhia Editora, 2004 4. Biological Sequence Analysis: Probabilistic Models of proteins and nucleic acids. R. Durbin et.al. Cambridge University Press, 1998 5. Bioinformatics:sequence and genome analysis, second edition. D.S. Mount. Cold Sprint Harbour Press Bibliografia Adicional: 6. Tratando-se de uma disciplina que se propõe à atualização , o material bibliográfico adicional será selecionado pelo docente responsável a partir de artigos científicos publicados em revistas de algo impacto nesta área.

Bibliography:

Bibliografia Básica 1. ""Molecular Biology of the Cell"" Alberts et. al. 6th Edidtion, Garland Publishing Inc. 2. Design Patterns:Elements of Reusable Object-Oriented Software. Erich Gamma et Al. Addison-Wesley 1994. 3. Refatoração; aperfeiçoando o projeto de código existente. Kent Beck et. al, Bookman Companhia Editora, 2004 4. Biological Sequence Analysis: Probabilistic Models of proteins and nucleic acids. R. Durbin et.al. Cambridge University Press, 1998 5. Bioinformatics:sequence and genome analysis, second edition. D.S. Mount. Cold Sprint Harbour Press Bibliografia Adicional: 6. Tratando-se de uma disciplina que se propõe à atualização , o material bibliográfico adicional será selecionado pelo docente responsável a partir de artigos científicos publicados em revistas de algo impacto nesta área.

Tipo de oferecimento da disciplina:

Presencial

Class type:

Presencial