O currículo do Curso de Ciências Moleculares(CCM) consiste de dois blocos denominados ciclo básico e avançado. O ciclo básico, que corresponde a quatro semestres, consiste de disciplinas nas áreas de Biologia, Computação, Física, Matemática e Química. Para completar a sua formação, ao passar para o ciclo avançado, o aluno opta por uma dessas áreas ou mesmo continua seu caráter interdisciplinar. Para isso, é obrigatório que cada aluno tenha um Orientador de iniciação científica, juntamente com o qual, propõe um projeto de Iniciação Científica e um currículo, composto por disciplinas optativas livres oferecidas por qualquer Unidade da Universidade, que complementem a sua formação e auxiliem no desenvolvimento de sua Iniciação. Ele é parte integrante indispensável do currículo de cada aluno, durante a qual deverão ser completadas as 210(duzentas e dez) unidades de crédito acadêmico mínmimos necessários(dos quais, 8 créditos são referentes a Atividades Acadêmicas Complementares, totalizando 240 horas de AACs obrigatórias) para a obtenção do diploma de Bacharel em Ciências Moleculares. Esse programa, acompanhado do circunstanciamento necessário para a sua justificação e do programa concomitante de Iniciação Científica, deve ser submetido à aprovação da Comissão de Graduação do CCM por ocasião da conclusão do último semestre do ciclo básico. O ciclo avançado pode ser feito em três ou quatro semestres. As disciplinas denominadas Projetos Especiais, correspondem a disciplinas de Pós-Graduação. No caso de Desligamento ou Conclusão do Curso de Ciências Moleculares, o aluno pode retornar à sua Unidade de origem para completar seu curso inicial ao qual está vinculado.