O curso oferece aos estudantes a opção de cursar disciplinas optativas em diferentes áreas como é detalhado no Projeto Pedagógico do Curso. Caso seja de seu interesse, cada estudante pode concentrar a escolha de suas optativas em uma ou mais áreas específicas. Para o Bel. em Matemática Aplicada e Computação Científica são sugeridas quatro cadeias de formação: Ciência de Dados, Estatística, Otimização e Simulação e Modelagem Computacional de Fluidos. Se concluir as disciplinas de uma cadeia de formação, o estudante receberá um Certificado de Estudos Especial na cadeia concluída. É possível concluir mais de uma cadeia de formação e, neste caso, haverá um certificado para cada uma delas. A disciplina SME0284 – Estágio Supervisionado ou SME0285 – Trabalho de conclusão de Curso são oferecidas no 8o semestre do curso. Para cursar estas disciplinas, o aluno deverá ter concluído pelo menos 100 créditos do curso (no mínimo 96 obrigatórios e 4 optativos). As 360h em disciplinas eletivas podem ser divididas em horas de aula e de trabalho. Além disso, até 120 destas horas podem ser cursadas em optativas livres.