O objetivo da disciplina é proporcionar aos alunos os fundamentos de sistemática e biogeografia, além de noções básicas de taxonomia, classificação e nomenclatura biológica. O curso é orientado através dos conceitos teóricos e práticos do método filogenético, com ênfase nas suas interações com o estudo da biodiversidade e evolução biológica. Métodos alternativos são também discutidos. O conteúdo é apresentado na forma de aulas expositivas e estudos práticos dirigidos. Nossa meta é capacitar o aluno para entender e organizar informação biológica de uma forma comparativa e filogeneticamente coerente.

1 – A sistemática de Aristóteles a Darwin. 2 – Nova síntese e Sistemática Evolutiva (Gradismo). 3 – Lógica da inferência filogenética. 4 – Critério de Otimização I: Fenética. 5 – Critério de Otimização II: Parcimômica. 6 – Terminologia e definições associadas à Cladística. 7 – Critério de Otimização III: Máxima Verossimilhança. 8 – Classificações biológicas. 9 – Nomenclatura Biológica. 10 –  Biogeografia histórica, descritiva, interpretativa e ecológica. 11 – Sistemática e biogeografia, principais escolas de Biogeografia Histórica.

Definição de sistemática e diversidade biológica. 2 - Definição de sistemas de referência (classificação). 3 - O essencialismo: Aristoteles a Linaeus. 4 - Evolucionismo e Darwin. 5 - As implicações das teorias de Darwin do pensamento biológico. 6 -Descendência com modificação. 7 - Definição de cladogênese e anagênese e suas relações com o conceito de diversidade biológica. 8 - Formas de aquisição de semelhanças (homologia e analogia). 9 - Síntese Moderna e a Sistemática Evolutiva: grupos monofiléticos, grados e zonas adaptativas. 10 - O nascimento da taxonomia numérica. 11 - Lógica dos métodos de inferência filogenética. 12 - Método fenético (UPGMA). 13 - Introdução à Cladística. 14 - Transformações de caracteres e evidências de relação de parentesco no contexto da Cladística. 15 - Caracteres e estados de caráter. 16 - Codificação de matrizes. 17 - Diagramas dicotômicos e formulação de hipóteses de relação de parentesco: ambiguidade, erro e testabilidade. 18 - Parcimônia e descendência com modificação. 19 - Otimização em diagramas não enraizados. 20 - Busca de diagramas mais parcimoniosos. 21 - Enraizamento. 22 - Monofilia, sinapomorfia, homoplasia e autapomorfia. 23 – Leitura de cladogramas e árvores de consenso. 24 – Probabilismo e inferências filogenéticas. 25 - Classificações biológicas - Sistema Lineano de classificação, outros sistemas de classificação e transformação de cladogramas em classificações. 26 -  Nomenclatura Biológica, categorias taxonômicas e nomes dos táxons, noção de tipo, códigos e comissões internacionais de nomenclatura, identificação biológica: chaves de identificação e outros métodos. 27 - Biogeografia histórica, descritiva, interpretativa e ecológica, biotas e áreas de endemismo áreas de distribuição, centros de origem, dispersão e vicariância. 28 - Sistemática e biogeografia, principais escolas de Biogeografia Histórica, cladogramas de táxons e cladogramas de área e métodos gerais de associações históricas. 29 - identificar elementos de congruência ou discordância entre os conceitos apresentados na disciplina e aqueles apresentados no ensino médio.