Geral: Fornecer o instrumental para o desenvolvimento de análises filogenéticas; desenvolver e estimular a capacidade de reflexão sobre quais os recursos a serem empregados para efetuar análises, assim como sobre o potencial deste instrumental para apreciação de relações de parentesco entre táxons, biogeografia, evolução molecular e fenotípica. A disciplina proverá a base necessária para atividades fundamentais na prática de estudos filogenéticos, como a construir matrizes de dados e efetuar análises filogenéticas. Específico: Após a disciplina, o aluno deverá compreender os recursos de cada metodologia de análise cladística, suas limitações e recursos; ser capaz de elaborar matrizes de dados e efetuar análises cladísticas básicas; compreender o procedimento de polarização de caracteres e de enraizamento de árvores; compreender a lógica subjacente da conexão (“ordenação”) entre estados de caracteres e da pesagem dos mesmos; compreender a lógica dos métodos bayesianos e de máxima verossimilhança; conhecer os principais programas de cladísticas e seus recursos fundamentais.
Aplicação de conceitos gerais da sistemática filogenética: hierarquia da informação e critérios de otimalidade em sistemática. Tratamento de caracteres morfológicos, moleculares, genéticos, comportamentais e ecológicos; classes de caracteres; pesagem de caracteres; enraizamento de cladogramas; consensos de árvores; mapeamento e otimização de caracteres; avaliação de suporte de ramos e estabilidade das árvores.
Programa: Aplicação de conceitos gerais da sistemática filogenética: hierarquia da informação biológica (homologias, apomorfias, plesiomorfias etc.); critérios de otimalidade: parcimônia, máxima verossimilhança e probabilidade posterior bayesiana; cladogramas e outros grafos filogenéticos, grupos monofiléticos e não-monofiléticos, comunicação filogenética e educação com cladogramas; amostragem taxonômica; construção e codificação de caracteres e natureza da informação biológica: tratamento de caracteres morfológicos, moleculares, genéticos, comportamentais e ecológicos; classes de caracteres (binários, multiestados, ordenados ou aditivos vs. não-ordenados ou não-aditivos); pesagem de caracteres; enraizamento de cladogramas; consensos de árvores; mapeamento e otimização de caracteres; avaliação de suporte de ramos e estabilidade das árvores; aplicações filogenéticas: evolução de características fenotípicas e evolução molecular; apresentação de resultados.
ALBERT, V.A. [Ed.] (2005) Parsimony, Phylogeny, and Genomics. Oxford University Press, Oxford. FARRIS, J.S. (1983) The logical basis of phylogenetic analysis. In: PLATNICK, N. I.; FUNK, V. A. Advances in Cladistics. Vol. 2 [pp. 7-36]. Columbia University Press, New York. FELSENSTEIN, J. (2004) Inferring Phylogenies. Sinauer Associates, Sunderland. FITCH, W.M. (1971) Toward defining the course of evolution: Minimum change for a specific tree topology. Systematic Zoology 20: 406-416. HALL, B.K. [Ed.] (2000) Homology: The Hierarchical Basis of Comparative Biology. Academic Press, San Diego. HAMILTON, A. [Ed.] (2013) The Evolution of Phylogenetic Systematics (Series: Species and Systematics). University of California Press. HENNIG, W. (1965) Phylogenetic systematics. Annual Review of Entomology 10: 97-116. HENNIG, W. (1966) Phylogenetic Systematics. University of Illinois Press, Urbana. HILLIS, D. M.; C. MORITZ & B.K. MABLE [Eds.] (1996) Molecular Systematics (2a ed.) Sinauer Associates, Sunderland. NELSON, G. & N. PLATNICK (1981) Systematics and Biogeography: Cladistics and Vicariance. Columbia Univ. Press, New York. NELSON, G. & PLATNICK, N.I. 1981. Systematics and Biogeography. Cladistics and Vicariance. Columbia University Press, New York. NIXON, K. C. & CARPENTER, J. M. (2012). On homology. Cladistics 28: 160–169. PAGE, R.D.M. & E.C. HOLMES (1998) Molecular Evolution: A Phylogenetic Approach. Wiley-Blackwell, Oxford. SCHUH, R.T. & A.V.Z. BROWER (2009) Biological Systematics: Principles and Applications (2a Ed.) Cornell University Press, Ithaca. WILEY, E.O. 1981. Phylogenetics. The theory and practice of phylogenetic systematics. John Wiley & Sons, New York. YANG, Z. (2006) Computational Molecular Evolution. Oxford University Press, New York.
