Introduzir os alunos algumas ferramentas básicas em bio e quimioinformática na área de química biológica.
Introdução a disciplina e informações sobre as aulas. Estrutura dos arquivos com a representação da estrutura de pequenas moléculas e macromoléculas. Relação estrutura-atividade (SAR). Relação estrutura-propriedade (SPR) para a farmacocinética. Aprendizado de máquinas I – Aprendizado supervisionado. Aprendizado de máquinas II – Aprendizado não supervisionado.
1. Apresentação da disciplina. Introdução ao conteúdo programático e apresentação de algumas ferramentas computacionais. Acesso local versus acesso remoto. Salvamento dos resultados na nuvem Google e Google Colab. 2. Representação bidimensional e tridimensional da estrutura de pequenas moléculas: estrutura dos arquivos. 3. Representação da estrutura de macromoléculas. 4. Conversão entre formatos de arquivos usando ferramentas online. 5. Cálculo de propriedades físico-químicas e estruturais para pequenas moléculas usando Knime e toolkits. 6. Relação estrutura-atividade (SAR): estruturação de modelo. 7. Relação estrutura-atividade (SAR): Alguns modelos quimiométricos mais comumente aplicados, suas limitações e métodos para analisar a robustez do método. 8. Relação estrutura-propriedade para estudar a farmacocinética. 9. Aprendizado de máquinas I: supervisionado (árvores de decisão e redes neurais). 10. Aprendizado de máquinas II: não-supervisionado (análise de agrupamento e de componentes principais).
- Varnek, A. Tutorials in Chemoinformatics. Wiley, 1st Ed., 2017, 488 p. - Stefaniu, A.; Rasul, A.; Hussain, G. Chemiinformatics and its Applications. Intechopen, 2020, 190 p. - Roy, K. Cheminformatics, QSAR and Machine Learning Applications for Novel Drug Development. Academic Press, 1st Ed., 2023, 768 p. - Montanari, C. A. Química Medicinal: Métodos e Fundamentos em Planejamento de Fármacos. Edusp, 2ª Ed., 2019, 736 p.