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Júpiter - Sistema de Gestão Acadêmica da Pró-Reitoria de Graduação


Instituto de Biociências
 
Genética e Biologia Evolutiva
 
Disciplina: BIO0446 - Desenho Experimental e Análise de Dados Genômicos
Experimental design and genomic data analyses

Créditos Aula: 3
Créditos Trabalho: 2
Carga Horária Total: 105 h
Tipo: Semestral
Ativação: 15/07/2020 Desativação:

Objetivos
Disciplina instrumental para o ensino do delineamento do desenho experimental para estudos genômicos, com foco em análises bioinformáticas. A abordagem será feita de forma simples e funcional para estudos genéticos e evolutivos envolvendo um grande conjunto de dados.
 
 
 
Docente(s) Responsável(eis)
8699071 - Sonia Cristina da Silva Andrade
 
Programa Resumido
Método científico. Teste de hipótese. Conceitos básicos de estatística e análise multivariada. Amostragem e seleção de parâmetros para sequenciamento. Fontes de variação. Bioinformática para análise genômica, transcriptômica e genômica ambiental.
 
 
 
Programa
A disciplina será dividida em aulas teóricas e prática. Durante as aulas teóricas serão abordados os seguintes temas:
1.	Princípios de bioestatística e estatística multivariada. Amostragem de dados.
2.	Método científico e teste de hipótese.
3.	Fontes de variação e ruído. Estratégias dependendo da escala/hipótese de pesquisa: i) indivíduo, ii) populacão-espécie, iii) espécie-grandes grupos.
4.	Materiais e métodos gerais para estudos atuais: citogenética, tamanho genômico,
Sequenciamento.
5.	Plataformas e seleção de parâmetros para sequenciamento NGS. Montagens genômicas e transcriptômicas. Descrição geral e detalhada de (meta)dados para cada caso.
6.	Evolução genômica.
7.	Prospecção de marcadores genômicos.
8.	Testes de associação.
9.	Genômica ambiental e metagenômica. Conceito de genomas em contextos ampliados: diferença entre genoma e genômica do organismo, pangenomica, holobionte.
10.	Bancos de dados online e anotação funcional.
11.	Abordagem comparativa: genômica, transcriptômica, proteômica, ecologia genômica.
Nos exercícios práticos, os alunos terão a oportunidade de utilizar dados reais e implementar ferramentas básicas de bioinformática. As aulas práticas consistirão da análise a partir de bases de dados para resolução de perguntas específicas abordadas nas aulas teóricas.

Observação: É ESPERADO QUE OS ALUNOS TENHAM NOÇÕES BÁSICAS DE ESTATÍSTICA.
 
 
 
Avaliação
     
Método
Avaliação contínua, através de participação em aula, uma prova e um trabalho de conclusão.
Critério
Os alunos serão avaliados pelas discussões em aula, além de uma prova individual e um trabalho de conclusão de curso em grupo. Todas as atividades serão comporão a nota final.
Norma de Recuperação
Não há.
 
Bibliografia
     
Artigos diversos a serem apresentados em aula.
Livros para consulta:
M Anisimova. 2019 Evolutionary Genomics, Statístícal and Computational Methods. Humana Press, 2a edição
GP Quinn, MJ Keough. 2002. Experimental design and data analysis for biologists. Cambridge University Press.
JC Setúbal, J Meidanis. 1997. Introductíon to Computational Molecular Biology. Brooks/Cole Pub Co.
RR Sokal, FJ Rohlf. 2011. Biometry: The Principies and Practíces of Statístícs in Biological Research. W. H. Freeman. 4a edição
 

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