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Instituto de Biociências
 
Zoologia
 
Disciplina: BIZ0433 - Inferência Filogenética: Filosofia, Método e Aplicações
Phylogenetic inference: phylosphy, methods and aplication

Créditos Aula: 4
Créditos Trabalho: 0
Carga Horária Total: 60 h
Tipo: Semestral
Ativação: 01/01/2018 Desativação:

Objetivos
Fundamentar as bases teóricas e filosóficas da inferência filogenética. Introduzir os elementos de cladística computacional. Abordar componentes metodológicos de nível intermediário que permitam ao aluno avaliar de maneira crítica hipóteses filogenéticas. Explorar, via seminários, a utilidade de hipóteses filogenéticas utilizando exemplos que transitam da medicina forense aos vários programas de pesquisa contemporâneos em Biologia Evolutiva.
 
 
 
Docente(s) Responsável(eis)
4847197 - Fernando Portella de Luna Marques
 
Programa Resumido
Instrumentação em Linux. Bases filosóficas das análises filogenéticas e alinhamentos. Instrumentação em Cladística computacional: bases epistemológicas, dados fenotípicos e genotípicos, algorítmos de busca, alinhamento, consenso, suporte, congruência e critérios de otimalidade.
 
 
 
Programa
1. Introdução ao Linux; 2. Ferramentas de manipulação de texto em Linux; 3. Espaço de topologias; 5. TNT - Buscas Avançadas; 6. TNT - tipos de caracteres e topologias de consenso; 7. Dados Moleculares - Introdução; 8. Dados Moleculares - Alinhamento; 9. Homologia Dinâmica; 10. Homologia Dinâmica I: Buscas em POY, sensibilidade, comprimentos de ramos e alinhamentos; 11. Homologia Dinâmica II: Iterative pass, dados lacunares e partições em POY; 12. Introdução à verossimilhançao; 13. Inferência por Verossimilhança Máxima: homologia estática e dinâmica; e 14 Suporte.
 
 
 
Avaliação
     
Método
A nota final será baseada na participação dos alunos durante as discussões de texto e aulas práticas (10%), no mínimo 6 tarefas (assignments) distribuídos ao longo do curso (60%) e o ensaio final sobre tema relacionado com a disciplina (40%).
Critério
O critério de avaliação é comparativo com relação ao apresentado pela classe como um todo.
Norma de Recuperação
(critérios de aprovação e épocas de realização das provas ou trabalhos): Serão reprovados os alunos que obtiverem média inferior a 5.
 
Bibliografia
     
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