Fundamentar as bases teóricas e filosóficas da inferência filogenética. Introduzir os elementos de cladística computacional. Abordar componentes metodológicos de nível intermediário que permitam ao aluno avaliar de maneira crítica hipóteses filogenéticas. Explorar, via seminários, a utilidade de hipóteses filogenéticas utilizando exemplos que transitam da medicina forense aos vários programas de pesquisa contemporâneos em Biologia Evolutiva.
Instrumentação em Linux. Bases filosóficas das análises filogenéticas e alinhamentos. Instrumentação em Cladística computacional: bases epistemológicas, dados fenotípicos e genotípicos, algorítmos de busca, alinhamento, consenso, suporte, congruência e critérios de otimalidade.
1. Introdução ao Linux; 2. Ferramentas de manipulação de texto em Linux; 3. Espaço de topologias; 5. TNT - Buscas Avançadas; 6. TNT - tipos de caracteres e topologias de consenso; 7. Dados Moleculares - Introdução; 8. Dados Moleculares - Alinhamento; 9. Homologia Dinâmica; 10. Homologia Dinâmica I: Buscas em POY, sensibilidade, comprimentos de ramos e alinhamentos; 11. Homologia Dinâmica II: Iterative pass, dados lacunares e partições em POY; 12. Introdução à verossimilhançao; 13. Inferência por Verossimilhança Máxima: homologia estática e dinâmica; e 14 Suporte.
Archibald, J. K., Mort, M. E., & Crawford, D. J. 2003. Bayesian inference of phylogeny: a non-technical primer. Taxon, 52(May), 187–191.Bremer, K. 1994. Branch support and tree stability. Cladistics, 10, 295–301.Bryant, H. N. 2001. Character polarity and the rooting of cladograms. In G. P. Wagner (Ed.), The character concept in Evolutionary Biology (1st ed., pp. 319–337). New York: Academic Press.Carpenter, J.M. 1994. Successive weighting, reliability and evidence. Cladistics 10(2): 215-220.Coddington, J. & Scharff, N. 1994. Problems with zero-length branches. Cladistics 10:415-423.de Pinna, M.C. 1991. Concepts and tests of homology in the cladistic paradigm. Cladistics 7: 367-394.DeSalle, R. 2006. What’s in a character? Journal of Biomedical Informatics, 39(1): 6–17. doi:10.1016/j.jbi.2005.11.002Egan, J. 2006. Support versus corroboration. Journal of Biomedics Informatics. 39: 72-85.Farris, J. S. 1983. The Logical Basis of Phylogenetic Analysis. In: Platnick and Funk (eds), Advances in Cladistics. Proceeding of the second meeting of the Willi Hennig Society. Vol. 2 Columbia University Press, Ny.: 7-36.Giribet, G & Wheeler, W. 1999. On Gaps. Molecular Phylogenetics and Evolution, 13:132-143.Goloboff, P.A. 1999. Analyzing large data sets in reasonable times: solutions for composite optima. Cladistics 15: 415–428.Goloboff, P.A. 2001. Techniques for analysing large data sets. In: DeSalle, R., Giribet, G. & Wheeler, A. (eds.), Birkhauser Vrlag. Basel. Pp. 70-79.Goloboff, P.A.; Farris, J.S. & Nixon, K.C. 2008. TNT, a free program for phylogenetic analysis. Cladistics 24: 774–786.Hennig, W. 1965. Phylogenetic systematics. Ann. Rev. Ent., 10: 97-116.Nixon, K.C. 1999. The parsimony ratchet, a new method for rapid parsimony analysis. Cladistics 15: 407–414.Nixon & Carpenter 1993. On outgroups. Cladistics 9:413-426.Nixon & Carpenter 2011. On homology. Cladistics 28:160-169.Nixon & Carpenter 2012. More on homology. Cladistics 28:225–226.Phillips, A. 2006. Homology assessment and molecular sequence alignment. Journal of Biomedical Informatics 39:18–33.Phillips, A.; Janies, D. & Wheeler, W. 2000. Multiple Sequence Alignment in Phylogenetic Analysis. Molecular Phylogenetics and Evolution, 16:317–330.Sober, E. 2008. Evidence and Evolution: the logic behind the science. Cambridge University Press, New York. 414 pp.Wagner, G.P. (ed.) 2001. The character concept in Evolutionary Biology. Academic Press. San Diego.Weins, J. 2006. Missing data and the design of phylogenetic analysis. Journal of Biomedics Informatics. 39: 34-42.Wheeler, W.C. 2012. Systematics: A Course of Lectures. Wiley-Blackwell, 446 pgs.Williams & Ebach 2012. Confusing homologs as homologies: a reply to “On homology”. Cladistics 28:223–224.