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Júpiter - Sistema de Graduação

Centro de Energia Nuclear na Agricultura
 
Centro de Energia Nuclear na Agricultura
 
Disciplina: CEN0336 - Introdução a Programação de Computadores Aplicada a Ciências Biológicas
Introduction to computer programming applied to life sciences

Créditos Aula: 4
Créditos Trabalho: 1
Carga Horária Total: 90 h
Tipo: Semestral
Ativação: 01/01/2020 Desativação:

Objetivos
Ao finalizar a disciplina o aluno contará com habilidades básicas para o uso de sistemas operacionais tipo UNIX, e para a programação de computadores com linguagens de alto nível (e.g., Bash, Perl, Python). Tais habilidades são indispensáveis para gerenciar grandes quantidades de dados e inflação de forma eficiente na biologia atual. As habilidades adquiridas serão úteis para o aprendizado em outras disciplinas e nas atividades professionais do aluno.
 
 
 
Docente(s) Responsável(eis)
9406670 - Diego Mauricio Riaño Pachón
 
Programa Resumido
Introdução ao sistema operacional tipo UNIX e linguagens de programação de alto nível interpretados (e.g., Bash, Perl, Python). Noções básicas de teoria de algoritmos. Desenvolvimento de scripts voltado à resolução de problemas biológicos, com ênfase em manipulação de sequências biológicas.
 
 
 
Programa
O programa será dividido em 15 sessões (semanas). Cada sessão com uma duração de 4 h. Teórico: Introdução ao sistema operacional UNIX. Conceitos básicos em programação de computadores (algoritmos, linguagens de programação: compilados vs. interpretados). Noções de desenvolvimento de algoritmos. Introdução a BASH. Introdução a Perl ou Python. Tipos de estruturas de dados e variáveis, declaração, estruturas de controle, expressões regulares e funções. Utilização de módulos. Prático: Implementação de scripts simples para manipulação de dados biológicos, com ênfase em manipulação de sequências.
 
 
 
Avaliação
     
Método
A avaliação da disciplina será realizada mediante: Duas provas escritas (P1, P2), cada uma com contribuição de 15% para a nota final A entrega de um relatório de uma das sessões práticas (R1), com contribuição de 35% da nota final A entrega de um trabalho de conclusão desenvolvido no decorrer do semestre(T1), e que consistirá de uma aplicação desenvolvida pelo aluno a partir de um problema proposto no início da disciplina, com contribuição de 35% da nota final.
Critério
A nota final será calculada segundo: Nota final = (P1 * 0.15) + (P2 * 0.15) + (T1 * 0.35) + (R1 * 0.35)
Norma de Recuperação
Não há.
 
Bibliografia
     
Literatura Básica: Haddoc SHD & Dunn CW. Practical Computing for Biologist. Sninauer Associates Inc.2011 Jones NC & Pevzner PA. An Introduction to Bioinformatics Algorithms. MIT Press. 2004 Literatura Complementar: Bessant C, Shadforth I & Oakley D. Building Bioinformatics Solutions with Perl, R and MySQL. Oxford University Press. 2009 Bradnam K & Korf I. Unix & Perl Primer for Biologists . http://korflab.ucdavis.edu/unix_and_perl/ The Carpentries. The Unix Shell. http://swcarpentry.github.io/shell-novice/
 

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