Ao finalizar a disciplina o aluno contará com habilidades básicas para o uso de sistemas operacionais tipo UNIX, e para a programação de computadores com linguagens de alto nível (e.g., Bash, Perl, Python). Tais habilidades são indispensáveis para gerenciar grandes quantidades de dados e inflação de forma eficiente na biologia atual. As habilidades adquiridas serão úteis para o aprendizado em outras disciplinas e nas atividades professionais do aluno.
Introdução ao sistema operacional tipo UNIX e linguagens de programação de alto nível interpretados (e.g., Bash, Perl, Python). Noções básicas de teoria de algoritmos. Desenvolvimento de scripts voltado à resolução de problemas biológicos, com ênfase em manipulação de sequências biológicas.
O programa será dividido em 15 sessões (semanas). Cada sessão com uma duração de 4 h. Teórico: Introdução ao sistema operacional UNIX. Conceitos básicos em programação de computadores (algoritmos, linguagens de programação: compilados vs. interpretados). Noções de desenvolvimento de algoritmos. Introdução a BASH. Introdução a Perl ou Python. Tipos de estruturas de dados e variáveis, declaração, estruturas de controle, expressões regulares e funções. Utilização de módulos. Prático: Implementação de scripts simples para manipulação de dados biológicos, com ênfase em manipulação de sequências.
Literatura Básica: Haddoc SHD & Dunn CW. Practical Computing for Biologist. Sninauer Associates Inc.2011 Jones NC & Pevzner PA. An Introduction to Bioinformatics Algorithms. MIT Press. 2004 Literatura Complementar: Bessant C, Shadforth I & Oakley D. Building Bioinformatics Solutions with Perl, R and MySQL. Oxford University Press. 2009 Bradnam K & Korf I. Unix & Perl Primer for Biologists . http://korflab.ucdavis.edu/unix_and_perl/ The Carpentries. The Unix Shell. http://swcarpentry.github.io/shell-novice/