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Júpiter - Sistema de Gestão Acadêmica da Pró-Reitoria de Graduação


Instituto de Matemática e Estatística
 
Ciência da Computação
 
Disciplina: MAC0341 - Introdução a Bioinformática
Introduction to Bioinformatics

Créditos Aula: 4
Créditos Trabalho: 0
Carga Horária Total: 60 h
Tipo: Semestral
Ativação: 01/01/2016 Desativação: 30/01/2023

Objetivos
As  ciências  biológicas  sofreram  uma  importante  revolução  nas  últimas 
décadas pelo uso de métodos matemático­computacionais, o que foi possível 
graças  a  introdução  de  novas  tecnologias  para  medição  de  fenômenos 
moleculares. O objetivo deste curso é familiarizar o aluno: com  aspectos de 
dinâmicas fundamentais dos seres vivos no nível de Biologia Molecular e com 
a evolução das espécies; com os fenômenos moleculares que são medidos; 
com  as  técnicas  de  medição;  com  os  repositórios  públicos  de  fenômenos 
biológicos medidos; e, finalmente, com técnicas de processamento de dados 
que permitem extrair informação biológica dos fenômenos medidos. Além de 
apresentar exemplos de problemas de bioinformática e de suas soluções.
 
 
 
Programa Resumido
O  funcionamento  molecular  dos  seres  vivos.  O  dogma  básico  da  biologia 
molecular e o papel dos RNAs não  codificantes. Evolução dos  seres  vivos: 
mutação  do  DNA  e  pressão  evolutiva.  Redes  metabólicas  e  de  sinalização 
celular.  A  investigação  do  funcionamento  dos  seres  vivos  através  de 
medidas:  transcriptomica,  proteômica,  metabolomica.  As  tecnologias  para 
decodificação  e  medição  de  fenômenos.  Os  repositórios  públicos.  Medição 
como  um  processo  estatístico  de  amostragem. Exemplos  de  problemas  de 
bioinformática e algumas soluções. Inferência de redes gênicas; identificação 
de  marcadores  genéticos  para  condições  clínicas;  inferência  de  vias  de 
sinalização.
Algumas  medidas  consideradas:  sequenciamento  de  RNA  clássico  e  de 
última  geração;  microarrays;  espectrometria  de  massa;  western  blot;  gel 
eletroforese; PCR; preparação de bibliotecas de  cDNA;  sequenciamento de 
DNA.
 
 
 
Programa
O  funcionamento  molecular  dos  seres  vivos.  O  dogma  básico  da  biologia 
molecular e o papel dos RNAs não  codificantes. Evolução dos  seres  vivos: 
mutação  do  DNA  e  pressão  evolutiva.  Redes  metabólicas  e  de  sinalização 
celular.  A  investigação  do  funcionamento  dos  seres  vivos  através  de 
medidas:  transcriptomica,  proteômica,  metabolomica.  As  tecnologias  para 
decodificação  e  medição  de  fenômenos.  Os  repositórios  públicos.  Medição 
como  um  processo  estatístico  de  amostragem. Exemplos  de  problemas  de 
bioinformática e algumas soluções. Inferência de redes gênicas; identificação 
de  marcadores  genéticos  para  condições  clínicas;  inferência  de  vias  de 
sinalização.
Algumas  medidas  consideradas:  sequenciamento  de  RNA  clássico  e  de 
última  geração;  microarrays;  espectrometria  de  massa;  western  blot;  gel 
eletroforese; PCR; preparação de bibliotecas de  cDNA;  sequenciamento de 
DNA.
 
 
 
Avaliação
     
Método
A avaliação será feita através de provas escritas, solução de exercícios, e projetos. O aluno passará se obtiver nota maior ou igual a 5,0 (cinco).
Critério
A avaliação será feita através de provas escritas, solução de exercícios, e projetos. O aluno passará se obtiver nota maior ou igual a 5,0 (cinco).
Norma de Recuperação
Média ponderada de provas maior ou igual a 3.0 e média de trabalhos e projetos maior ou igual a 5,0 (cinco)
 
Bibliografia
     
1) Green, Michael R., and Joseph Sambrook. Molecular cloning: a laboratory 
manual. New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2012.
2) Gross, Jürgen H. Mass spectrometry: a textbook. Springer, 2004.
3) Molecular Biology of the Cell. Alberts, et al. 4) Baxevanis and Ouellette (Eds.) Bioinformatics. Wiley‐Interscience, 2005 (3rd edition)
5) Mount. Bioinformatics. CSHL Press, 2004 (2nd edition)
6) Compeau and Pevzner. Bioinformatics Algorithms:  an active learning 
approach. Active Learning Publishers, 2014.
 

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