Proporcionar conhecimento teórico avançado em análise filogenética de caracteres fenotípicos, com ênfase em dados anatômicos; oferecer treinamento prático intenso no uso de softwares para análises filogenéticas de dados fenotípicos; discutir criticamente a importância da morfologia para a Sistemática atual e a integração de caracteres fenotípicos e moleculares.
Conceitos básicos de sistemática filogenética. Etapas da análise filogenética. Caracteres fenotípicos e métodos de codificação. Confecção de matrizes. Algoritmos de busca: paramétricos e não-paramétricos. Principais programas, com ênfase em TNT. Buscas no TNT. Pesagem diferencial de caracteres. Árvores filogenéticas. Otimização de caracteres. Índices de congruência entre caracteres e árvores e suporte de ramos. Detectando táxons e caracteres problemáticos. Publicando sua análise. Integrando dados fenotípicos com outros tipos de dados.
1. Breve introdução aos conceitos básicos de sistemática filogenética; as etapas da análise filogenética: matriz, buscas, árvores. 2. Caracteres informativos; homologia primária; independência e variação. 3. Características intrínsecas dos caracteres morfológicos; comparações com os caracteres moleculares. 4. Tipos de caracteres morfológicos; 4.1. Caracteres discretos; estados mutuamente exclusivos; caracteres binários e multiestado; ordenação de estados: critérios e consequências. 4.2. Caracteres contínuos; contagens, medidas e dados de morfometria geométrica. 5. Codificação de caracteres e confecção de matrizes. 5.1. Homologias primárias ou hipóteses de homologia; similaridades e diferenças; análise de múltiplos atributos de similaridade; erros frequentes e suas consequências; terminologia anatômica. 5.2. Métodos de codificação de caracteres complexos: codificação redutiva, codificação composta, codificação binária não-aditiva, codificação de ausências; polimorfismos e dados inaplicáveis; erros frequentes e suas consequências. 5.3. Principais programas. 6. Análise de dados. 6.1. Algoritmos de busca: paramétricos e não-paramétricos; máxima parcimônia. 6.2. Principais programas, com ênfase em TNT; exportando matrizes fenotípicas compostas (caracteres discretos e contínuos); buscas no TNT: tradicional, ‘novas tecnologias’; parâmetros de busca. 6.3. Pesagem de caracteres; pesagem diferencial contra homoplasias; pesagem sucessiva, pesagem implícita, pesagem de transformações de estados (otimização autopesada); valor ‘k’ no TNT. 7. Hipótese de relações filogenéticas; enraizamento de árvores; árvores de consenso. 7.1. Análises a posteriori; otimização de caracteres: máxima parcimônia e verossimilhança; ACCTRAN e DELTRAN; índices de congruência entre caracteres e árvores; índices de suporte de ramos. 7.2. Principais programas. Detectando táxons e caracteres problemáticos. 8. Publicando sua análise. 8.1. Formas de apresentação dos dados; descrições anatômicas, descrição e distribuição dos caracteres, análise e otimização dos caracteres. 8.2. Representações de árvores: diagonal, retangular, radial; cladogramas e filogramas; principais programas, com ênfase em FigTree e Adobe Illustrator. 9. Integrando novos dados morfológicos com hipótese prévias. 9.1. Abordagens possíveis: otimização em hipóteses pré-existentes, revisão de nós incongruentes entre diferentes análises, super-árvores, análise filogenética global de dados combinados. 9.2. Lidando com disjunção de dados em análises globais: dados inaplicáveis e táxons terminais compostos. 9.3. Concatenando dados morfológicos e moleculares (‘evidência total’). 10. Discussão e análise crítica das práticas atuais e do papel da morfologia na sistemática contemporânea.
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