Informa??es da Disciplina

 Preparar para impressão 
Júpiter - Sistema de Graduação

Museu de Zoologia
 
Museu de Zoologia - Divisão Científica
 
Disciplina: MZC0019 - Análise Filogenética de Caracteres Fenotípicos: Teoria e Prática
Phylogenetic analysis of phenotypic data

Créditos Aula: 4
Créditos Trabalho: 0
Carga Horária Total: 60 h
Tipo: Semestral
Ativação: 15/07/2017 Desativação:

Objetivos
Proporcionar conhecimento teórico avançado em análise filogenética de caracteres fenotípicos, com ênfase em dados anatômicos; oferecer treinamento prático intenso no uso de softwares para análises filogenéticas de dados fenotípicos; discutir criticamente a importância da morfologia para a Sistemática atual e a integração de caracteres fenotípicos e moleculares.
 
 
 
Docente(s) Responsável(eis)
3282108 - Alessio Datovo da Silva
 
Programa Resumido
Conceitos básicos de sistemática filogenética. Etapas da análise filogenética. Caracteres fenotípicos e métodos de codificação. Confecção de matrizes. Algoritmos de busca: paramétricos e não-paramétricos. Principais programas, com ênfase em TNT. Buscas no TNT. Pesagem diferencial de caracteres. Árvores filogenéticas. Otimização de caracteres. Índices de congruência entre caracteres e árvores e suporte de ramos. Detectando táxons e caracteres problemáticos. Publicando sua análise. Integrando dados fenotípicos com outros tipos de dados.
 
 
 
Programa
1. Breve introdução aos conceitos básicos de sistemática filogenética; as etapas da análise filogenética: matriz, buscas, árvores. 2. Caracteres informativos; homologia primária; independência e variação. 3. Características intrínsecas dos caracteres morfológicos; comparações com os caracteres moleculares. 4. Tipos de caracteres morfológicos; 4.1. Caracteres discretos; estados mutuamente exclusivos; caracteres binários e multiestado; ordenação de estados: critérios e consequências. 4.2. Caracteres contínuos; contagens, medidas e dados de morfometria geométrica. 5. Codificação de caracteres e confecção de matrizes. 5.1. Homologias primárias ou hipóteses de homologia; similaridades e diferenças; análise de múltiplos atributos de similaridade; erros frequentes e suas consequências; terminologia anatômica. 5.2. Métodos de codificação de caracteres complexos: codificação redutiva, codificação composta, codificação binária não-aditiva, codificação de ausências; polimorfismos e dados inaplicáveis; erros frequentes e suas consequências. 5.3. Principais programas. 6. Análise de dados. 6.1. Algoritmos de busca: paramétricos e não-paramétricos; máxima parcimônia. 6.2. Principais programas, com ênfase em TNT; exportando matrizes fenotípicas compostas (caracteres discretos e contínuos); buscas no TNT: tradicional, ‘novas tecnologias’; parâmetros de busca. 6.3. Pesagem de caracteres; pesagem diferencial contra homoplasias; pesagem sucessiva, pesagem implícita, pesagem de transformações de estados (otimização autopesada); valor ‘k’ no TNT. 7. Hipótese de relações filogenéticas; enraizamento de árvores; árvores de consenso. 7.1. Análises a posteriori; otimização de caracteres: máxima parcimônia e verossimilhança; ACCTRAN e DELTRAN; índices de congruência entre caracteres e árvores; índices de suporte de ramos. 7.2. Principais programas. Detectando táxons e caracteres problemáticos. 8. Publicando sua análise. 8.1. Formas de apresentação dos dados; descrições anatômicas, descrição e distribuição dos caracteres, análise e otimização dos caracteres. 8.2. Representações de árvores: diagonal, retangular, radial; cladogramas e filogramas; principais programas, com ênfase em FigTree e Adobe Illustrator. 9. Integrando novos dados morfológicos com hipótese prévias. 9.1. Abordagens possíveis: otimização em hipóteses pré-existentes, revisão de nós incongruentes entre diferentes análises, super-árvores, análise filogenética global de dados combinados. 9.2. Lidando com disjunção de dados em análises globais: dados inaplicáveis e táxons terminais compostos. 9.3. Concatenando dados morfológicos e moleculares (‘evidência total’). 10. Discussão e análise crítica das práticas atuais e do papel da morfologia na sistemática contemporânea.
 
 
 
Avaliação
     
Método
aulas expositivas, aulas práticas computacionais
Critério
relatórios de aula prática (50%), provateórico-prática (50%).
Norma de Recuperação
serão reprovados alunos com média inferior a 5.
 
Bibliografia
     
Agnarsson, I. & Miller, J. A. (2008) Is ACCTRAN betterthan DELTRAN? Cladistics, 24, 1-7. de Pinna, M. C. C. (1991) Concepts and tests of homology in the cladistic paradigm. Cladistics, 7, 367-394. Catalano, S. A., Goloboff, P. A. & Giannini, N. P. (2010) Phylogenetic morphometrics (I): the use of landmark data in a phylogenetic framework. Cladistics 26, 1-11. Farris, J. S. (1969) A successive approximations approach to character weighting. SystematicZoology, 18, 374-385. Farris, J. S. (1989) The retention index and the rescaled consistency index. Cladistics, 5, 417-419. Goloboff, P. A. (1993) Estimating character weights during tree search. Cladistics, 9, 83-91. Goloboff, P. A. (1997) Self-weighted optimization: tree searches and character state reconstructions under implied transformation costs. Cladistics, 13, 225-245. Goloboff, P. A., Farris, J. S., Källersjö, M., Oxelman, B., Ramírez, M. J. &Szumik, C. A. (2003) Improvements to resampling measures of group support. Cladistics, 19, 324-332. Goloboff, P. A., Mattoni, C. I. & Quinteros, A. S. (2006) Continuous characters analyzed as such. Cladistics, 22, 589-601. Goloboff, P. A., Carpenter, J. M., Salvador Arias, J. & Miranda Esquivel, D. R. (2008) Weightingagainst homoplasy improves phylogenetic analysisofmorphological data sets. Cladistics, 24, 758-773. Goloboff, P. A., Farris, J. S. & Nixon, K. C. (2008) TNT, a free program for phylogenetic analysis. Cladistics, 24, 774-786. Hennig, W. (1966) Phylogenetic systematics. Universityof Illinois Press, Urbana, 263 pp. Kitching, I. L., Forey, P. L., Humphries, C. J. & Williams, D. M. (1998) Cladistics: the theory and practice of parsimony analysis; 2nd ed. The Systematics Association, publ. 11, Oxford University Press, Oxford, 228 pp. Lipscomb, D. L. (1992) Parsimony, homology and the analysis of multistate characters. Cladistics, 8, 45-65. Nixon, K. C. & Carpenter, J. M. (1993) On out groups. Cladistics, 9, 413-426. Nixon, K. C. & Carpenter, J. M. (1996) On simultaneous analysis. Cladistics, 12, 221-241. Nixon, K. C. & Carpenter, J. M. (1996) On consensus, collapsibility, and clade concordance. Cladistics, 12, 305-321. Nixon, K. C. & Carpenter, J. M. (2011) On homology. Cladistics, 27, 1-10. Strong, E. E. & Lipscomb, D. L. (1999) Character coding and inapplicable data. Cladistics, 15, 363-371. Wiens, J. J. (2000) Phylogenetic analysis of morphological data. Smithsonian Institution Press, Washington and London, 230 pp. Wiley, E. O. & Lieberman, B. S. (2011) Phylogenetics: theory and practice of phylogenetic systematics; 2nd ed. John Wiley& Sons, New Jersey, 406 pp.
 

Clique para consultar os requisitos para MZC0019

Clique para consultar o oferecimento para MZC0019

Créditos | Fale conosco
© 1999 - 2020 - Superintendência de Tecnologia da Informação/USP