Introduzir aos alunos os conceitos básicos e as técnicas utilizadas frequentemente para modelagem de biomoléculas. Apresentar novas frentes de pesquisa de simulação computacional nas áreas de bioquímica, biofísica e biologia estrutural.
Noções básicas de programação em Python e de sistemas Linux; Modelos bioquímicos; Coordenadas de macromoléculas e manipulações; Modelos de química quântica; Mecânica molecular; Explorando superfícies de energia potencial: otimizações de geometria, caminhos de reação; Simulações de dinâmica molecular; Atracagem molecular (docking); Tópicos avançados: Potenciais híbridos QM/MM; Cálculo de energia livre; Previsão de estruturas proteicas. Alunos de outras unidades da USP que não cursaram estas disciplinas requisito podem requerer matrícula.
1. A Practical Introduction to the Simulation of Molecular Systems, Martin J. Field, Cambridge University Press, 2a edição, 2007; 2. Daniel M. Zuckerman, Statistical Physics of Biomolecules, CRC Press, 2010; 3. Intermolecular Interactions: Physical Picture, Computational Methods and Model Potentials, Ilya G. Kaplan, John Wiley& Sons, 2006; 4. Uma perspectiva computacional sobre catálise enzimática, Guilherme M. Arantes, Química Nova, 31, 377, 2008.