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Júpiter - Sistema de Gestão Acadêmica da Pró-Reitoria de Graduação


Instituto de Química
 
Bioquímica
 
Disciplina: QBQ2011 - Bioquímica e Biofísica Computacionais
Computational Biochemistry and Biophysics

Créditos Aula: 4
Créditos Trabalho: 3
Carga Horária Total: 150 h
Tipo: Semestral
Ativação: 15/07/2022 Desativação:

Objetivos
Introduzir aos alunos os conceitos básicos e as técnicas utilizadas frequentemente para modelagem de biomoléculas. Apresentar novas frentes de pesquisa de simulação computacional nas áreas de bioquímica, biofísica e biologia estrutural.
 
 
 
Docente(s) Responsável(eis)
755131 - Guilherme Menegon Arantes
 
Programa Resumido
Noções básicas de programação em Python e de sistemas Linux; Modelos bioquímicos; Coordenadas de macromoléculas e manipulações; Modelos de química quântica; Mecânica molecular; Explorando superfícies de energia potencial: otimizações de geometria, caminhos de reação; Simulações de dinâmica molecular; Atracagem molecular (docking); Tópicos avançados: Potenciais híbridos QM/MM; Cálculo de energia livre; Previsão de estruturas proteicas.
Alunos de outras unidades da USP que não cursaram estas disciplinas requisito podem requerer matrícula.
 
 
 
Programa
Noções básicas de programação em Python e de sistemas Linux; Modelos bioquímicos; Coordenadas de macromoléculas e manipulações; Modelos de química quântica; Mecânica molecular; Explorando superfícies de energia potencial: otimizações de geometria, caminhos de reação; Simulações de dinâmica molecular; Atracagem molecular (docking); Tópicos avançados: Potenciais híbridos QM/MM; Cálculo de energia livre; Previsão de estruturas proteicas.
Alunos de outras unidades da USP que não cursaram estas disciplinas requisito podem requerer matrícula.
 
 
 
Avaliação
     
Método
Aulas expositivas presenciais, discussões e demonstrações. Uso de material didático digital contendo palestras e tutoriais gravados em vídeo, notas eletrônicas online e exercícios computacionais.
Critério
Participação nas aulas, estudo do material didático, incluindo programas e métodos computacionais. Resolução de listas de exercícios.
Norma de Recuperação
Nota da 2ª Avaliação = Nota da 1ª Avaliação + 2 x (Nota da prova de recuperação) dividido por 3.
 
Bibliografia
     
1. A Practical Introduction to the Simulation of Molecular Systems, Martin J. Field, Cambridge University Press, 2a edição, 2007;
2. Daniel M. Zuckerman, Statistical Physics of Biomolecules, CRC Press, 2010;
3. Intermolecular Interactions: Physical Picture, Computational Methods and Model Potentials, Ilya G. Kaplan, John Wiley& Sons, 2006;
4. Uma perspectiva computacional sobre catálise enzimática, Guilherme M. Arantes, Química Nova, 31, 377, 2008.
 

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