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Júpiter - Sistema de Graduação

Instituto de Química
 
Bioquímica
 
Disciplina: QBQ2507 - Biologia Molecular Computacional
Computational Molecular Biology

Créditos Aula: 4
Créditos Trabalho: 0
Carga Horária Total: 60 h
Tipo: Semestral
Ativação: 01/01/2020 Desativação:

Objetivos
Introduzir os conceitos teóricos, os algoritmos usados e as aplicações de ferramentas informáticas para responder questões importantes na biologia molecular.
 
 
 
Docente(s) Responsável(eis)
2189248 - Nadja Cristhina de Souza Pinto
 
Programa Resumido
Introdução à Biologia Computacional e Genômica. Obtenção, processamento e análise de sequências de DNA, RNA e proteínas. Bancos de dados genômicos.Montagem de genes e genomas. Análise de sequências de DNA e RNA. Análise de Proteínas.Genômica Comparativa. Métodos em larga-escala para estudos de expressão gênica e de estrutura genômica. Identificação e modelagem de redes gênicas e vias metabólicas.
 
 
 
Programa
Introdução à Biologia Computacional e Genômica. Similaridade de sequências de DNA e de proteínas. Matrizes de substituição de aminoácidos. Algoritmos de programação dinâmica para obtenção de alinhamentos ótimos. O programa BLAST. Alinhamentos múltiplos. Alinhamentos de genomas completos. Estrutura e interrogação de bancos de dados biológicos: GenBank, UniProtKB, JGI/IMG, UCSC Genome Browser, ENSEMBL. Quadros abertos de leitura e predição computacional de genes e outros elementos em genomas. Anotação de genomas. Anotação e categorização de genes. Bancos de dados de famílias de proteínas (COG, KEGG, TIGRfams). Identificação de Domínios/Motivos/Assinaturas em seqüências de proteínas. Principais bancos de dados de domínios e motivos (INTERPRO, PFAM, PRODOM, PROSITE). Bancos de dados de estrutura 3D de proteínas (PDB). Métodos para inferência de filogenias com base em dados moleculares. Análise de variações na sequência genômica (SNPs). Metodologias para análise em larga-escala da expressão gênica. Tecnologias NGS para o estudo funcional de genomas. Análise de dados de RNAseq. Análise de enriquecimento de categorias gênicas. Predição de estrutura de RNAs. Predição de alvos de MicroRNAs. Análise global de elementos regulatórios da expressão gênica (ChIP-Seq).
 
 
 
Avaliação
     
Método
Aulas teóricas, aulas práticas utilizando ferramentas informáticas disponíveis na sala multimídia, resolução de exercícios.
Critério
Provas escritas e solução de exercícios teórico/práticos.
Norma de Recuperação
Nota da 2ª Avaliação = Nota da 1ª Avaliação + 2 x (Nota da prova de recuperação) dividido por 3.
 
Bibliografia
     
Baxevanis and Ouellette. Bioinformatics- A practical guide to the analysis of genes and proteins. Pevsner J. Bioinformatics and Functional Genomics. David. W. Mount, Bioinformatics - Sequence and Genome Analysis. Genes VIII - Benjamin Lewin.
 

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