Introduzir os conceitos teóricos,  os algoritmos usados e as aplicações de ferramentas informáticas para responder questões importantes na biologia molecular.

Introdução à Biologia Computacional e Genômica. Obtenção, processamento e análise de sequências de DNA, RNA e proteínas. Bancos de dados genômicos.Montagem de genes e genomas. Análise de sequências de DNA e RNA. Análise de Proteínas.Genômica Comparativa. Métodos em larga-escala para estudos de expressão gênica e de estrutura genômica. Identificação e modelagem de redes gênicas e vias metabólicas.

Introdução à Biologia Computacional e Genômica. Similaridade de sequências de DNA e de proteínas. Matrizes de substituição de aminoácidos. Algoritmos de programação dinâmica para obtenção de alinhamentos ótimos. O programa BLAST. Alinhamentos múltiplos. Alinhamentos de genomas completos. Estrutura e interrogação de bancos de dados biológicos: GenBank, UniProtKB, JGI/IMG, UCSC Genome Browser, ENSEMBL. Quadros abertos de leitura e predição computacional de genes e outros elementos em genomas. Anotação de genomas. Anotação e categorização de genes. Bancos de dados de famílias de proteínas (COG, KEGG, TIGRfams). Identificação de Domínios/Motivos/Assinaturas em seqüências de proteínas. Principais bancos de dados de domínios e motivos (INTERPRO, PFAM, PRODOM, PROSITE). Bancos de dados de estrutura 3D de proteínas (PDB). Métodos para inferência de filogenias com base em dados moleculares. Análise de variações na sequência genômica (SNPs). Metodologias para análise em larga-escala da expressão gênica. Tecnologias NGS para o estudo funcional de genomas. Análise de dados de RNAseq. Análise de enriquecimento de categorias gênicas. Predição de estrutura de RNAs. Predição de alvos de MicroRNAs. Análise global de elementos regulatórios da expressão gênica (ChIP-Seq).