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Júpiter - Sistema de Graduação

Instituto de Química
 
Bioquímica
 
Disciplina: QBQ2507 - Biologia Molecular Computacional
Computational Molecular Biology

Créditos Aula: 4
Créditos Trabalho: 0
Carga Horária Total: 60 h
Tipo: Semestral
Ativação: 01/01/2008 Desativação:

Objetivos
Introduzir os conceitos teóricos, os algoritmos usados e as aplicações de ferramentas informáticas para responder questões importantes na biologia molecular.
 
 
 
Docente(s) Responsável(eis)
2189248 - Nadja Cristhina de Souza Pinto
 
Programa Resumido
Introdução à Biologia Computacional e Genômica. Obtenção, processamento e análise de sequências de DNA, RNA e proteínas. Bancos de dados genômicos.Montagem de genes e genomas. Análise de sequências de DNA e RNA. Análise de Proteínas.Genômica Comparativa. Métodos em larga-escala para estudos de expressão gênica e de estrutura genômica. Identificação e modelagem de redes gênicas e vias metabólicas.
 
 
 
Programa
Introdução à Biologia Computacional e Genômica. Obtenção, processamento e análise de sequências de DNA, RNA e proteínas. Estrutura e interrogação de bancos de dados biológicos: bancos primários e secundários, bancos de sequência (GenBank, EMBL) e bancos genômicos (NCBI, UCSC Genome Browser, ENSEMBL). Recuperação de dados. Catalogação de genes e genomas: Métodos de agrupamento e montagem de seqüências de DNA. Análise de sequências de DNA e RNA: Mapa de restrição, tradutores de seqüências nas seis fases. Localização de genes e predição de fases abertas de leitura. Predição de estrutura secundária em RNAs. Identificação de RNAs regulatórios. Comparação/ Alinhamento de sequências de ácidos nucleicos e proteínas: Matrizes de substituição, alinhamento global vs. local, alinhamento par-a-par vs. alinhamento múltiplo, pesquisa de similaridade em bancos de dados. Análise de variações na sequência genômica (SNPs). Anotação de genomas. Análise de Proteínas: predição de estrutura secundária, análise de hidrofobicidade/hidrofilicidade, predição de seqüência-sinal /regiões transmembranares, identificação de Domínios/Motivos/Assinaturas em seqüências de proteínas, principais bancos de dados de domínios e motivos (INTERPRO,PFAM, PRODOM, PROSITE), bancos de dados de estrutura 3D de proteínas (PDB). Genômica Comparativa: anotação e categorização de genes, comparação de genomas, bancos de dados de famílias de proteínas (COG, KEGG, TIGR Gene Index). Análise em larga-escala da expressão gênica e estrutura genômica: microarranjos de DNA, CGH, ChIP-chip, genotipagem. Identificação e modelagem de redes gênicas e vias metabólicas.
 
 
 
Avaliação
     
Método
Aulas teóricas, aulas práticas utilizando ferramentas informáticas disponíveis na sala multimídia, resolução de exercícios.
Critério
Provas escritas e solução de exercícios teórico/práticos.
Norma de Recuperação
Nota da 2ª Avaliação = Nota da 1ª Avaliação + 2 x (Nota da prova de recuperação) dividido por 3.
 
Bibliografia
     
Baxevanis and Ouellette. Bioinformatics- A practical guide to the analysis of genes and proteins. 2005.
Pevsner J. Bioinformatics and Functional Genomics. 2003.· David. W. Mount, Bioinformatics - Sequence and Genome Analysis, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2001, Cold Spring Harbor, NY;.
Genes VIII - Benjamin Lewin.
 

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