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Júpiter - Sistema de Gestão Acadêmica da Pró-Reitoria de Graduação


Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto
 
Disciplinas Interdepartamentais
 
Disciplina: RIB0310 - Análise Molecular e Genômica Integrativa em Neoplasias Malignas da Mama e do Trato Genital Feminino
Integrative genomic and molecular analysis of breast and gynecologic malignancies

Créditos Aula: 2
Créditos Trabalho: 2
Carga Horária Total: 90 h
Tipo: Semestral
Ativação: 01/01/2019 Desativação:

Objetivos
Por em prática o conhecimento adquirido de biologia e informática para a análise de expressão diferencial de genes com tecnologias de alto desempenho (microarray e RNAseq).
 
 
 
Docente(s) Responsável(eis)
370014 - Daniel Guimarães Tiezzi
 
Programa Resumido
Princípios básicos de microarray e RNAseq; Práticas em aplicativos para obtenção de dados brutos e normalização de microarray and RNAseq; Práticas em aplicativos para análise de expressão diferencial de genes.
 
 
 
Programa
Princípios básicos de microarray e RNAseq; Práticas em aplicativos para obtenção de dados brutos e normalização de microarray and RNAseq; Práticas em aplicativos para análise de expressão diferencial de genes.
 
 
 
Avaliação
     
Método
Aulas teóricas e expositivas, complementadas com exercícios em sala de aula, com a orientação do professor. Resolução de exercícios e trabalhos práticos de programação aplicada. Elaboração de projeto para análise de dados biológicos.
Critério
Serão atribuídas notas para as provas práticas e para o desempenho no desenvolvimento do projeto que deverá ser apresentado ao final da disciplina. A nota final será calculada pela média ponderada das notas obtidas pelo aluno no projeto e provas no decorrer do semestre.
Norma de Recuperação
Uma prova teórico-prática dentro do prazo regimental antes do início do próximo semestre letivo. O estudante será aprovado se obtiver nota igual ou superior a cinco (5,0).
 
Bibliografia
     
https://www.bioconductor.org/help/workflows/arrays/
Pertea M, Pertea GM, Antonescu CM, Chang TC, Mendell JT	& Salzberg SL. StringTie enables improved reconstruction of a transcriptome from RNA-seq reads Nature Biotechnology 2015, doi:10.1038/nbt.3122
Pertea M, Kim D, Pertea GM, Leek JT, Salzberg SL Transcript-level expression analysis of RNA-seq experiments with HISAT, StringTie and Ballgown, Nature Protocols 11, 1650-1667 (2016), doi:10.1038/nprot.2016.095
https://www.bioconductor.org/help/workflows/rnaseqGene/
 

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